{
  "_id": "6a250c094b233be198387f5d",
  "Package": "MIDASim",
  "Type": "Package",
  "Title": "Simulating Realistic Microbiome Data using 'MIDASim'",
  "Version": "2.0",
  "Description": "The 'MIDASim' package is a microbiome data simulator for\ngenerating realistic microbiome datasets by adapting a\nuser-provided template. It supports the controlled introduction\nof experimental signals-such as shifts in taxon relative\nabundances, prevalence, and sample library sizes-to create\ndistinct synthetic populations under diverse simulation\nscenarios. For more details, see He et al. (2024)\n<doi:10.1186/s40168-024-01822-z>.",
  "biocViews": "",
  "Authors@R": "person(given = \"Mengyu\",\nfamily = \"He\",\nrole = c(\"aut\", \"cre\"),\nemail = \"mhe44@emory.edu\")",
  "URL": "https://github.com/mengyu-he/MIDASim",
  "BugReports": "https://github.com/mengyu-he/MIDASim/issues",
  "LazyData": "true",
  "License": "GPL-2",
  "Encoding": "UTF-8",
  "VignetteBuilder": "knitr",
  "RoxygenNote": "7.3.1",
  "Config/testthat/edition": "3",
  "NeedsCompilation": "no",
  "Repository": "https://mengyu-he.r-universe.dev",
  "Date/Publication": "2025-07-11 18:41:40 UTC",
  "RemoteUrl": "https://github.com/mengyu-he/midasim",
  "RemoteRef": "HEAD",
  "RemoteSha": "098a20933a95b7d18cb5667b1da225ac1ce80e74",
  "Packaged": {
    "Date": "2026-06-07 06:07:36 UTC",
    "User": "root"
  },
  "Author": "Mengyu He [aut, cre]",
  "Maintainer": "Mengyu He <mhe44@emory.edu>",
  "MD5sum": "05a3e8cc8e705211cb7f07b851e2495a",
  "_user": "mengyu-he",
  "_type": "src",
  "_file": "MIDASim_2.0.tar.gz",
  "_fileid": "7710b1e0b352c59e5b194e04fa0b14a374ef7ff0f6eb616f0e7b23df25d297a2",
  "_filesize": 585551,
  "_sha256": "7710b1e0b352c59e5b194e04fa0b14a374ef7ff0f6eb616f0e7b23df25d297a2",
  "_created": "2026-06-07T06:07:36.000Z",
  "_published": "2026-06-07T06:13:29.918Z",
  "_distro": "noble",
  "_jobs": [
    {
      "job": 79936292149,
      "time": 297,
      "config": "linux-devel-x86_64",
      "r": "4.7.0",
      "check": "OK",
      "artifact": "7461341797"
    },
    {
      "job": 79936292139,
      "time": 297,
      "config": "linux-release-x86_64",
      "r": "4.6.0",
      "check": "OK",
      "artifact": "7461341588"
    },
    {
      "job": 79936292178,
      "time": 277,
      "config": "macos-oldrel-arm64",
      "r": "4.5.3",
      "check": "OK",
      "artifact": "7461334677"
    },
    {
      "job": 79936292177,
      "time": 211,
      "config": "macos-release-arm64",
      "r": "4.6.0",
      "check": "OK",
      "artifact": "7461329162"
    },
    {
      "job": 79936112196,
      "time": 206,
      "config": "source",
      "r": "4.6.0",
      "check": "OK",
      "artifact": "7461307794"
    },
    {
      "job": 79936292136,
      "time": 119,
      "config": "wasm-release",
      "r": "4.6.0",
      "check": "OK",
      "artifact": "7461320412"
    },
    {
      "job": 79936292173,
      "time": 303,
      "config": "windows-devel",
      "r": "4.7.0",
      "check": "OK",
      "artifact": "7461342285"
    },
    {
      "job": 79936292155,
      "time": 321,
      "config": "windows-oldrel",
      "r": "4.5.3",
      "check": "OK",
      "artifact": "7461344277"
    },
    {
      "job": 79936292161,
      "time": 310,
      "config": "windows-release",
      "r": "4.6.0",
      "check": "OK",
      "artifact": "7461344273"
    }
  ],
  "_buildurl": "https://github.com/r-universe/mengyu-he/actions/runs/27056372408",
  "_status": "success",
  "_host": "GitHub-Actions",
  "_upstream": "https://github.com/mengyu-he/midasim",
  "_commit": {
    "id": "098a20933a95b7d18cb5667b1da225ac1ce80e74",
    "author": "Mengyu He <117243974+mengyu-he@users.noreply.github.com>",
    "committer": "GitHub <noreply@github.com>",
    "message": "MIDASim2.0 on CRAN",
    "time": 1752259300
  },
  "_maintainer": {
    "name": "Mengyu He",
    "email": "mhe44@emory.edu",
    "login": "mengyu-he",
    "description": "",
    "uuid": 117243974
  },
  "_registered": true,
  "_dependencies": [
    {
      "package": "R",
      "version": ">= 3.5.0",
      "role": "Depends"
    },
    {
      "package": "psych",
      "role": "Imports"
    },
    {
      "package": "MASS",
      "role": "Imports"
    },
    {
      "package": "pracma",
      "role": "Imports"
    },
    {
      "package": "scam",
      "role": "Imports"
    },
    {
      "package": "stats",
      "role": "Imports"
    },
    {
      "package": "vegan",
      "role": "Suggests"
    },
    {
      "package": "phyloseq",
      "role": "Suggests"
    },
    {
      "package": "rmarkdown",
      "role": "Suggests"
    },
    {
      "package": "knitr",
      "role": "Suggests"
    },
    {
      "package": "roxygen2",
      "role": "Suggests"
    },
    {
      "package": "testthat",
      "role": "Suggests"
    }
  ],
  "_owner": "mengyu-he",
  "_selfowned": true,
  "_usedby": 0,
  "_updates": [
    {
      "week": "2025-27",
      "n": 1
    },
    {
      "week": "2025-28",
      "n": 1
    }
  ],
  "_tags": [],
  "_stars": 10,
  "_contributors": [
    {
      "user": "mengyu-he",
      "count": 57,
      "uuid": 117243974
    }
  ],
  "_userbio": {
    "uuid": 117243974,
    "type": "user",
    "name": "Mengyu He"
  },
  "_downloads": {
    "count": 161,
    "source": "https://cranlogs.r-pkg.org/downloads/total/last-month/MIDASim"
  },
  "_devurl": "https://github.com/mengyu-he/midasim",
  "_searchresults": 14,
  "_rbuild": "4.6.0",
  "_assets": [
    "extra/citation.cff",
    "extra/citation.html",
    "extra/citation.json",
    "extra/citation.txt",
    "extra/contents.json",
    "extra/MIDASim.html",
    "extra/readme.html",
    "extra/readme.md",
    "manual.pdf"
  ],
  "_homeurl": "https://github.com/mengyu-he/midasim",
  "_realowner": "mengyu-he",
  "_cranurl": true,
  "_releases": [
    {
      "version": "2.0",
      "date": "2025-07-05"
    }
  ],
  "_exports": [
    "MIDASim",
    "MIDASim.modify",
    "MIDASim.setup"
  ],
  "_datasets": [
    {
      "name": "count.ibd",
      "title": "IBD microbiome dataset",
      "object": "count.ibd",
      "class": [
        "matrix",
        "array"
      ],
      "fields": [
        "UncTepi3",
        "Unc00re8",
        "Unc018j2",
        "Unc04u81",
        "Unc58370",
        "GV2Pseu5",
        "Unc02q5c",
        "Unc003tx",
        "Unc56563",
        "F1NS1036",
        "Oh9Spec5",
        "Unc05ssb",
        "LcbFer73",
        "Gt8Met66",
        "Unc04zvf",
        "Unc59236",
        "Unc01a7f",
        "Unc03e0y",
        "UncCl489",
        "Unc010jp",
        "Unc36521",
        "UncO7791",
        "Unc00a9i",
        "Unc04qfn",
        "Unc01w4h",
        "Unc95830",
        "Unc00mrp",
        "UncO6496",
        "Unc40572",
        "Unc02lzj",
        "UncO6120",
        "Unc02f9r",
        "Unc00v6o",
        "G9KS1076",
        "GF3Sang7",
        "HJ3Omni3",
        "HKTSpe50",
        "HJSTherm",
        "Unc03dvp",
        "I9VTana4",
        "Unc05bd1",
        "Unc03f5u",
        "GW6Somer",
        "Unc00w9a",
        "KQ0Bacte",
        "Unc04ri8",
        "UncB2490",
        "Unc055ix",
        "Unc69508",
        "Unc39912",
        "Unc01p12",
        "Unc015db",
        "HZXSco10",
        "UncO7042",
        "Unc00fje",
        "C80Tra95",
        "UncO6861",
        "Unc008ji",
        "J6AExce6",
        "GWMAdo11",
        "Unc052sp",
        "UncO7478",
        "Unc0137f",
        "Unc45605",
        "Unc01n5f",
        "Unc00ldp",
        "IVUSp161",
        "Unc94198",
        "Unc01mn1",
        "Unc056ir",
        "Unc98083",
        "Unc03u8h",
        "GG7Cop16",
        "Unc94574",
        "UncAl975",
        "Unc04y3m",
        "Unc00p4c",
        "Unc00z5u",
        "Unc04ewt",
        "Unc021us",
        "Unc03exo",
        "Unc02o1s",
        "Rm0Bac21",
        "GHQBrach",
        "Unc032el",
        "UncTer61",
        "HQ1Spe60",
        "Unc013ok",
        "Unc71265",
        "Unc01iri",
        "HVVLent2",
        "Unc0070o",
        "HKTDura4",
        "Gt8Me289",
        "I9BPame3",
        "Unc81584",
        "H9MBac20",
        "UncOch71",
        "Unc00xtg",
        "Unc82129",
        "Unc019hw",
        "Unc0349i",
        "NivSucc3",
        "Unc05quh",
        "CsrSpe61",
        "H0LCorp2",
        "Unc053aw",
        "Unc057li",
        "Unc05768",
        "Unc04o5x",
        "I2XButz5",
        "JnqAnth2",
        "Unc02gb1",
        "Unc05quo",
        "Unc01bfz",
        "Unc01bsb",
        "Gt8Me241",
        "HXVSp112",
        "Unc21180",
        "Unc00wgv",
        "Unc018jy",
        "Unc002el",
        "I5DSpe10",
        "Unc03st9",
        "GWMSpeci",
        "Unc00vn0",
        "Unc00cq3",
        "Unc04j6a",
        "GV2Spe54",
        "Unc054am",
        "Unc04wbw",
        "Unc02ruj",
        "Unc58327",
        "Gt8Me197",
        "HZ9Sp259",
        "H0LLoes5",
        "Unc57731",
        "Unc01nqn",
        "Unc99918",
        "Unc89581",
        "Unc0317w",
        "UncAna95",
        "UncB5840",
        "Unc04vq9",
        "Unc74156",
        "UncDes51",
        "UncCl260",
        "Unc94979",
        "Mx8Bact3",
        "VeeSemin",
        "UncO1467",
        "Unc94755",
        "Unc02j5b",
        "UncFi732",
        "Unc57758",
        "H0LDisi2",
        "Unc03iof",
        "Unc056wq",
        "Unc02afx",
        "Unc05b4q",
        "Unc21606",
        "Unc64668",
        "Unc03u88",
        "Unc01t8m",
        "Unc27630",
        "I5LSpec5",
        "FNWNL294",
        "MbvSmith",
        "Unc056qn",
        "Unc44318",
        "Unc58115",
        "Unc00hlf",
        "F1NAe698",
        "UncR4840",
        "FU3Spe44",
        "Unc01pa2",
        "Unc91094",
        "Unc02k3y",
        "UncFi545",
        "Unc056y6",
        "Unc00kv7",
        "S53Therm",
        "Unc01ie9",
        "Unc00qrn",
        "Unc01f1c",
        "Unc00zco",
        "Unc04hvv",
        "Unc44355",
        "Unc01ovx",
        "Unc03cvz",
        "Unc00wx4",
        "UncBac25",
        "Unc22983",
        "PvbSpe11",
        "H0BCorr7",
        "UncO2214",
        "UncCl909",
        "Unc00bcu",
        "Unc03rga",
        "Unc052lg",
        "UncM4285",
        "RbuSp395",
        "Unc024ne",
        "Gt8Met33",
        "FNWNL411",
        "Unc05eti",
        "Unc01bts",
        "Unc02m8q",
        "ISXSp111",
        "IC0Bact5",
        "Unc04shn",
        "Unc52856",
        "GHBNiger",
        "HJZIndis",
        "KnaSpec7",
        "Unc022vh",
        "Unc04i72",
        "Unc054vi",
        "Gt8Me128",
        "Unc01exu",
        "Unc02wee",
        "SwlPut28",
        "Unc052dz",
        "VeeSpec9",
        "Unc00hf6",
        "HFOSpec6",
        "Unc00v6w",
        "Unc02mlm",
        "Unid1967",
        "Unc02q6j",
        "Unc006la",
        "S53Massi",
        "Unc87183",
        "Unc0100q",
        "GFQLact9",
        "Unc01c6v",
        "Unc94497",
        "Unc01c0q",
        "Unc19563",
        "IreBac57",
        "Unc99751",
        "Unc02smo",
        "Unc002vf",
        "Unc02wri",
        "Unc022du",
        "Unc030g5",
        "Unc04vxa",
        "UncSta97",
        "Unid2572",
        "UncC1868",
        "Unc05m2s",
        "UncO2247",
        "F8IUreo6",
        "Unc84577",
        "H0LBucc3",
        "S53Ag156",
        "Unc03iyy",
        "Unc05m8w",
        "Unc03v2d",
        "IZIStarr",
        "Unc01220",
        "UncO6479",
        "Unc053gf",
        "Unc55486",
        "Unid1952",
        "Unc75688",
        "G9ZRupe2",
        "Unc00t3r",
        "Unc050mf",
        "UncO4779",
        "LcbSak39",
        "Unc05lxa",
        "Unc05qov",
        "Unc02j2d",
        "UncO6361",
        "Unc056wt",
        "UncO6492",
        "Unc03b8p",
        "Unc025rd",
        "Unc01a1f",
        "UncMi196",
        "Unc038bu",
        "Unc48500",
        "Unc03uuu",
        "CsrSp463",
        "Unc91193",
        "Unc03rr0",
        "Unc74121",
        "UncO6106",
        "Unc01a8h",
        "Unc38154",
        "Unc0047r",
        "Unc031wu",
        "Unc029p5",
        "Unc02hhf",
        "Unc003re",
        "Unc04u2s",
        "Unc00v3b",
        "Unc02p9p",
        "Unid2117",
        "Unc005ts",
        "Unc83905",
        "Unc85745",
        "Unc00v7p",
        "Unc0402j",
        "Unc02v3h",
        "Unc014pj",
        "F8ICCo33",
        "Unc03xpn",
        "I6SSpe10",
        "UncB2058",
        "UncPa167",
        "Unc03ixl",
        "Unc19347",
        "Unc90083",
        "Unc054uj",
        "GVCRaven",
        "Unc91427",
        "Unc01c0o",
        "ISXSp105",
        "GHQLimo9",
        "Unc22314",
        "Unc01y4x",
        "Unc81011",
        "Unc05klg",
        "Unc01pk4",
        "Unc00mga",
        "GFUMa342",
        "Unc052fp",
        "Unc55881",
        "Unc00bms",
        "Unc02jdx",
        "UncE6774",
        "Unc78901",
        "Rm0Bac17",
        "Unc03w9x",
        "Unc49753",
        "Unc03mo5",
        "HXVAqu20",
        "Unc01fdv",
        "Unc03dgk",
        "Unc00zcl",
        "Unc01xay",
        "Unc05oic",
        "UncCl409",
        "FNWNL448",
        "GX7Fr128",
        "GHQSulci",
        "Unc05n7t",
        "GHQSpe52",
        "Unc28200",
        "Unc036lf",
        "Unc05i7p",
        "Unc65343",
        "UncP1763",
        "Unc04zq9",
        "Unc43197",
        "Unc027v0",
        "Unc01i5a",
        "Unc39082",
        "Unc60329",
        "GWFSpec2",
        "Unc036v5",
        "UncPep18",
        "Unc041nk",
        "Unc62424",
        "Unc00ak4",
        "Unc71175",
        "Unc01w9w",
        "Unc40093",
        "Unc03tvh",
        "GQPGenom",
        "Unc00nbb",
        "Unc04zlo",
        "Unc01hjq",
        "Unc03u2r",
        "Unc051ln",
        "Unc02kng",
        "SlmBulb2",
        "Unc05m27",
        "Unc48286",
        "Unc02jcp",
        "Unc95419",
        "Unc69336",
        "Unc03tc5",
        "Unc92642",
        "Unc02nsd",
        "IJ3Indol",
        "Unc02158",
        "UncFi265",
        "Unc05nw6",
        "Unc81868",
        "Gt8Me147",
        "Unc02j5n",
        "Unc00xg6",
        "Unc023fx",
        "Unc81299",
        "F8IConc2",
        "I88Mits3",
        "Gt8Met68",
        "Unc03vy3",
        "UncB4473",
        "Unc03n60",
        "Gt8Me215",
        "Unc05irm",
        "Unc03011",
        "Unc64978",
        "Unc88911",
        "Unc02n51",
        "UncO1674",
        "Unc03b0p",
        "Unc04hf4",
        "Gt8Met60",
        "Unc05mrd",
        "Unc27825",
        "Unc04f12",
        "Unc054m4",
        "Unc00v6f",
        "Unc03j0p",
        "Unc025cz",
        "I97Lenta",
        "UncGranu",
        "Unc00cd4",
        "Unc019sq",
        "Unc02zd0",
        "Unc00tyw",
        "Unc02n9z",
        "Unc02irl",
        "Unc02lj0",
        "Unc010xg",
        "Unc03y4v",
        "H9MBac19",
        "Unide146",
        "Unc05o9h",
        "Unc73150",
        "Unc02uvw",
        "HXVAdha9",
        "Unc56603",
        "Unc91512",
        "UncO9844",
        "Unc84292",
        "Unc03i3g",
        "HKYLact5",
        "Unc91440",
        "Unc00uwy",
        "UnideZ41",
        "Unc02159",
        "Unc01ll8",
        "Unc64070",
        "Unc035vh",
        "UncM5880",
        "Unc04q38",
        "Unc00jqy",
        "I1FDiver",
        "HXXSpec5",
        "Unc22485",
        "Unc02u4p",
        "Rz2Bact6",
        "Unc010l0",
        "Unc00t43",
        "FJYEucr5",
        "Unc81236",
        "Unc00e6h",
        "GBFSp279",
        "Unc00f0g",
        "Unc27503",
        "UncB8834",
        "Unc36622",
        "Unc0340t",
        "Unc05d9k",
        "Unc01n0g",
        "Unc01w0v",
        "Rm0Bac15",
        "I52Minu3",
        "HGZDuerd",
        "Unc02kju",
        "Unc91005",
        "Unc029ax",
        "CsrNeon2",
        "Unc93973",
        "UncAna14",
        "Unc03uw6",
        "A6BStoq4",
        "F1NS2664",
        "Unc0120x",
        "Unc02njj",
        "Unc01277",
        "Unc05mei",
        "Unc00f22",
        "Unc04443",
        "Unc00m3k",
        "UncO5247",
        "Unc00a4v",
        "Unc05olb",
        "Unc0163x",
        "Unc02mpn",
        "Unc86145",
        "Unc02ysz",
        "Unc81447",
        "HQVSpec4",
        "Unc85608",
        "Unc95209",
        "Unc03sey",
        "Unc05mdx",
        "UncO8782",
        "G7WHuG28",
        "Unc38399",
        "HfnAlv51",
        "Unc0133b",
        "Unc01e6u",
        "Unc019wl",
        "Unc85953",
        "Unc57013",
        "Unc04x9p",
        "Unc03p0t",
        "F1NS3559",
        "Unc0126h",
        "Unc01zba",
        "Unc02ee9",
        "Unc02jig",
        "Unc97262",
        "H0LBivi4",
        "Unc036iu",
        "Unc03evh",
        "Unc46836",
        "Unc01avf",
        "Unc01f0v",
        "Unc04leh",
        "H4SFili3",
        "UncCl291",
        "Nc8Sp280",
        "GJFBac89",
        "Unc60150",
        "Unc0571u",
        "Unc058de",
        "UncG3786",
        "I6LElk91",
        "Unc03q4b",
        "Gt8Met45",
        "Unc01qt1",
        "Unc02l68",
        "UncO8895",
        "Unc004zz",
        "Unc00n8b",
        "Unc01nzf",
        "Unc0286m",
        "Unc76653",
        "Unc0195f",
        "UncO2108",
        "Unc74246",
        "GK7Taiw2",
        "Unc00xi0",
        "GW6Spe33",
        "HQVSpec3",
        "Unc02nme",
        "Unc01w4o",
        "Unc03l66",
        "UncCl891",
        "Unc64172",
        "Unc00o4o",
        "I6LSp235",
        "H0LColor",
        "Unc004yi",
        "Unc01vg1",
        "Unc022fm",
        "Unc00ec7",
        "Unc03e44",
        "Unc02s21",
        "UncO8402",
        "Unc03dci",
        "GEJSp482",
        "Unid2481",
        "Unc89979",
        "Unc000y1",
        "Unc61812",
        "Unc04zd2",
        "UncR2047",
        "Unc00y95",
        "UncO5332",
        "Unc0033e",
        "Unc055w2",
        "H6ZCacca",
        "HQDYunn7",
        "GH8Micro",
        "Od8Spla3",
        "Unc00ovv",
        "Unc057b2",
        "Unc00a7w",
        "Unc055sp",
        "UncOr772",
        "Unc76936",
        "HKIVag12",
        "Unc0183e",
        "S53Mut36",
        "Unc81229",
        "Unc98885",
        "Unc035xb",
        "Unc0546e",
        "Unc05nru",
        "Unc33232",
        "Unc75554",
        "Unc00rvu",
        "IZSSpeci",
        "Unc03433",
        "Unc03hrh",
        "IVUSpe88",
        "Unc009tj",
        "LcbReu47",
        "H9DLute2",
        "Unc02eb1",
        "Unc01505",
        "Unc00bs1",
        "Unc002ze",
        "UncRumi6"
      ],
      "rows": 146,
      "table": true,
      "tojson": true
    },
    {
      "name": "count.vaginal",
      "title": "MOMS-PI microbiome dataset",
      "object": "count.vaginal",
      "class": [
        "matrix",
        "array"
      ],
      "fields": [
        "807795",
        "134726",
        "215097",
        "542066",
        "851634",
        "354905",
        "383885",
        "115099",
        "146935",
        "469663",
        "138304",
        "99634",
        "463361",
        "128390",
        "484444",
        "1718658",
        "318320",
        "128300",
        "456393",
        "134467",
        "535353",
        "526131",
        "133065",
        "276632",
        "137580",
        "851668",
        "1105876",
        "350242",
        "137183",
        "548233",
        "4473664",
        "332718",
        "134265",
        "514453",
        "530676",
        "609964",
        "516611",
        "516648",
        "465079",
        "529233",
        "819676",
        "103606",
        "444649",
        "330714",
        "356052",
        "246717",
        "198190",
        "541119",
        "804621",
        "444857",
        "4307309",
        "581782",
        "212698",
        "4298305",
        "572237",
        "338756",
        "1126691",
        "176108",
        "560629",
        "559204",
        "530206",
        "86428",
        "4376230",
        "4376233",
        "1109247",
        "303643",
        "197286",
        "663885",
        "851726",
        "29566",
        "183603",
        "4344228",
        "4298899",
        "4467081",
        "4318710",
        "4320513",
        "585052",
        "1940",
        "573034",
        "4325272",
        "4310398",
        "4449198",
        "4308647",
        "4383049",
        "4113615",
        "4350466",
        "522025",
        "4424886",
        "509773",
        "532388",
        "530164",
        "4307782",
        "528357",
        "4297420",
        "72964",
        "4446973",
        "3221156",
        "355750",
        "525966",
        "4298483",
        "4430581",
        "4432430",
        "4369050",
        "4346722",
        "4390403",
        "422295",
        "4307230",
        "4302472",
        "272150",
        "521996",
        "529349",
        "4438988",
        "714766",
        "146094",
        "132041",
        "518865",
        "2372755",
        "851923",
        "1108638",
        "851704",
        "4297838",
        "4422512",
        "4422456",
        "4304524",
        "4410401",
        "586066",
        "4460404",
        "518743",
        "1139769",
        "152823",
        "92231",
        "4318624",
        "510422",
        "190233",
        "521851",
        "4407586",
        "4385687",
        "4320312",
        "4401186",
        "4335928",
        "561036",
        "251967",
        "4398594",
        "4332410",
        "4452538",
        "4305815",
        "4294607",
        "4376905",
        "4409545",
        "4301737",
        "4354870",
        "3866487",
        "4295743",
        "4337755",
        "358343",
        "4356832",
        "4399761",
        "4298633",
        "1026498",
        "516198",
        "4458304",
        "757622",
        "4465561",
        "22951",
        "4339528",
        "4430826",
        "4307343",
        "527630",
        "403701",
        "14287",
        "516966",
        "414943",
        "4443207",
        "4306177",
        "4314454",
        "4307484",
        "4477897",
        "517754",
        "3889756",
        "4303759",
        "153997",
        "4328364",
        "4364083",
        "130468",
        "189294",
        "206887",
        "187248",
        "295361",
        "71165",
        "196577",
        "4349518",
        "306160",
        "178242",
        "4377809",
        "307238",
        "554303",
        "199283",
        "314406",
        "362389",
        "195798",
        "548021",
        "523934",
        "180082",
        "329520",
        "545061",
        "318348",
        "895653",
        "197603",
        "110059",
        "535901",
        "508875",
        "198542",
        "201364",
        "183866",
        "583974",
        "326136",
        "365717",
        "1108679",
        "184897",
        "128382",
        "208790",
        "578537",
        "518389",
        "199745",
        "311961",
        "294219",
        "370099",
        "354908",
        "316037",
        "192462",
        "196309",
        "301827",
        "4429907",
        "551902",
        "342487",
        "192226",
        "357020",
        "580629",
        "197943",
        "178385",
        "4318284",
        "190299",
        "593422",
        "4430843",
        "548587",
        "204093",
        "524219",
        "367213",
        "520413",
        "315391",
        "210542",
        "4371362",
        "297503",
        "191148",
        "176775",
        "319275",
        "358016",
        "737331",
        "287514",
        "495394",
        "189524",
        "523782",
        "302746",
        "332185",
        "528715",
        "365634",
        "195408",
        "359120",
        "192058",
        "186891",
        "529740",
        "522135",
        "42372",
        "362344",
        "184725",
        "573110",
        "178712",
        "581079",
        "849723",
        "741701",
        "1124877",
        "755148",
        "591635",
        "193279",
        "197874",
        "189677",
        "341024",
        "355307",
        "366771",
        "194532",
        "197589",
        "189997",
        "14286",
        "528652",
        "197050",
        "369843",
        "367176",
        "197135",
        "471157",
        "361170",
        "213885",
        "198866",
        "369014",
        "196212",
        "196713",
        "195757",
        "306499",
        "330564",
        "265871",
        "310301",
        "174755",
        "186888",
        "527751",
        "528606",
        "592616",
        "24546",
        "335816",
        "362214",
        "591285",
        "524841",
        "524848",
        "548032",
        "188165",
        "585227",
        "346738",
        "516792",
        "194082",
        "193906",
        "133372",
        "357168",
        "577027",
        "2985051",
        "772282",
        "363400",
        "368175",
        "531675",
        "361722",
        "133178",
        "530327",
        "4301887",
        "820843",
        "715913",
        "369996",
        "365385",
        "362767",
        "580008",
        "302503",
        "191112",
        "210647",
        "330193",
        "362968",
        "300136",
        "193336",
        "2250345",
        "165179",
        "484439",
        "339948",
        "336247",
        "525698",
        "187034",
        "386273",
        "129798",
        "14280",
        "4314545",
        "134786",
        "4340137",
        "4312247",
        "4416763",
        "4305062",
        "799024",
        "165421",
        "4310500",
        "562992",
        "4428060",
        "1011398",
        "526682",
        "282360",
        "535549",
        "572476",
        "520774",
        "236308",
        "151176",
        "193975",
        "535375",
        "589114",
        "220122",
        "359538",
        "309133",
        "183534",
        "4321398",
        "197367",
        "195508",
        "191483",
        "187324",
        "192839",
        "364029",
        "185604",
        "184209",
        "199354",
        "353782",
        "240694",
        "552528",
        "177343",
        "186352",
        "197924",
        "54794",
        "171559",
        "291090",
        "370225",
        "348027",
        "584375",
        "523025",
        "560336",
        "550814",
        "4384044",
        "559527",
        "193233",
        "197072",
        "182255",
        "199716",
        "194646",
        "199698",
        "72820",
        "1110821",
        "296007",
        "355102",
        "193749",
        "344701",
        "184745",
        "189924",
        "692756",
        "1115121",
        "529652",
        "193709",
        "199543",
        "358944",
        "751601",
        "13994",
        "347714",
        "189760",
        "196553",
        "327176",
        "345118",
        "531582",
        "196246",
        "176057",
        "182874",
        "191355",
        "196832",
        "175922",
        "199228",
        "324786",
        "212532",
        "307761",
        "195305",
        "183698",
        "354334",
        "14276",
        "189899",
        "785526",
        "194287",
        "199677",
        "198696",
        "197535",
        "198532",
        "184518",
        "4302060",
        "186984",
        "14285",
        "339992",
        "4405932",
        "322380",
        "571178",
        "211935",
        "513935",
        "317677",
        "332929",
        "843553",
        "819181",
        "357471",
        "828676",
        "570507",
        "186262",
        "183071",
        "185390",
        "68416",
        "327218",
        "325958",
        "367790",
        "1109362",
        "178843",
        "319097",
        "780555",
        "548730",
        "841708",
        "254011",
        "92874",
        "819507",
        "815380",
        "284090",
        "4375000",
        "141206",
        "541859",
        "4430561",
        "352503",
        "4479405",
        "4326857",
        "301149",
        "1135220",
        "614182",
        "326069",
        "173654",
        "165489",
        "181432",
        "188851",
        "584484",
        "518690",
        "525458",
        "186358",
        "591785",
        "327050",
        "302975",
        "449684",
        "309900",
        "271147",
        "1036749",
        "48583",
        "4338152",
        "4325275",
        "4396516",
        "4307228",
        "4331439",
        "4309380",
        "518686",
        "182117",
        "4323059",
        "4350387",
        "192182",
        "4447514",
        "4298702",
        "1078207",
        "4455250",
        "783719",
        "4307843",
        "92629",
        "187178",
        "4448456",
        "336364",
        "4154872",
        "4320518",
        "4344943",
        "4344213",
        "4395884",
        "92913",
        "292057",
        "524725",
        "787663",
        "523036",
        "4459021",
        "4314814",
        "4306166",
        "4456252",
        "4309301",
        "4382476",
        "4320317",
        "4443201",
        "4315538",
        "2714267",
        "4306176",
        "14289",
        "4347865",
        "2377731",
        "4306048",
        "505587",
        "90487",
        "3991527",
        "1131894",
        "183684",
        "192046",
        "291510",
        "4451252",
        "197708",
        "1065387",
        "194654",
        "345362",
        "4308270",
        "182986",
        "197343",
        "181675",
        "766791",
        "207487",
        "114510",
        "712677",
        "341322",
        "299943",
        "537664",
        "192347",
        "4365684",
        "9710",
        "590136",
        "522364",
        "851938",
        "553208",
        "521424",
        "251387",
        "841344",
        "849704",
        "4433676",
        "910500",
        "814501",
        "517548",
        "4296513",
        "4427701",
        "368203",
        "4318700",
        "911808",
        "4408085",
        "1887417",
        "648553",
        "4354267",
        "4443237",
        "4428042",
        "92535",
        "4310192",
        "4338511",
        "4451251",
        "1116384",
        "4315069",
        "4430639",
        "1109454",
        "4294954",
        "85594",
        "296358",
        "3829957",
        "553080",
        "276149",
        "295705",
        "196664",
        "4307790",
        "4431938",
        "97301",
        "31235",
        "133075",
        "3537764",
        "4459671",
        "851961",
        "130864",
        "198009",
        "215266",
        "4295418",
        "4340454",
        "295478",
        "4448331",
        "298427",
        "1104638",
        "299851",
        "299267",
        "289933",
        "231787",
        "289709",
        "289261",
        "169182",
        "301184",
        "4320561",
        "840905",
        "549823",
        "536492",
        "4426946",
        "4299527",
        "554163",
        "168583",
        "1141758",
        "586355",
        "4315958",
        "275845",
        "484320",
        "714461",
        "365484",
        "187962",
        "50265",
        "523234",
        "324888",
        "133341",
        "342787",
        "259150",
        "318583",
        "4303981",
        "289918",
        "176615",
        "167719",
        "826270",
        "306306",
        "206826",
        "526081",
        "191783",
        "4335776",
        "70887",
        "4305384",
        "310178",
        "91557",
        "4359222",
        "361853",
        "169629",
        "4401235",
        "4411875",
        "92721",
        "4393181",
        "41911",
        "370217",
        "4479603",
        "4317959",
        "364163",
        "305288",
        "4306852",
        "193710",
        "767270",
        "364179",
        "275599",
        "4372058",
        "4335578",
        "191251",
        "237288",
        "280706",
        "4403574",
        "851824",
        "369555",
        "360808",
        "355450",
        "197725",
        "361972",
        "190028",
        "188658",
        "521515",
        "520643",
        "193755",
        "193174",
        "184803",
        "346657",
        "354461",
        "216599",
        "562376",
        "198439",
        "196513",
        "572254",
        "162924",
        "198151",
        "181990",
        "531888",
        "183870",
        "365220",
        "544996",
        "195407",
        "199753",
        "293883",
        "196333",
        "212481",
        "183147",
        "575844",
        "353791",
        "530700",
        "353155",
        "363232",
        "184567",
        "165935",
        "515632",
        "194395",
        "193876",
        "196219",
        "197214",
        "198783",
        "319541",
        "175535",
        "584463",
        "517170",
        "325910",
        "214036",
        "358104",
        "369602",
        "508897",
        "327818",
        "210946",
        "181047",
        "1111294",
        "184570",
        "178064",
        "4468391",
        "185659",
        "194734",
        "199156",
        "192515",
        "342014",
        "238674",
        "4449226",
        "174842",
        "302049",
        "12562",
        "328283",
        "197505",
        "851630",
        "515808",
        "4303761",
        "712917",
        "377874",
        "1660334",
        "41128",
        "4307006",
        "317993",
        "15129",
        "273320",
        "128227",
        "20221",
        "387095",
        "347922",
        "373689",
        "32546",
        "354798",
        "2617854",
        "325808",
        "211706",
        "522398",
        "433676",
        "793524",
        "356144",
        "194667",
        "364175",
        "310071",
        "524258",
        "1076969",
        "3859",
        "808562",
        "4296858",
        "191081",
        "182668",
        "357582",
        "341221",
        "574102",
        "259097",
        "132546",
        "131702",
        "15076",
        "575956",
        "74407",
        "574655",
        "1937180",
        "575407",
        "1035532",
        "505541",
        "209685",
        "808202",
        "525515",
        "4419506",
        "131660",
        "524884",
        "537871",
        "352211",
        "4340587",
        "4323508",
        "299382",
        "15806",
        "136485",
        "3931",
        "174638",
        "329820",
        "193623",
        "544859",
        "184211",
        "192255",
        "817140",
        "314204",
        "287510",
        "558839",
        "196296",
        "151623",
        "295194",
        "177704",
        "196727",
        "194341",
        "568118",
        "304563",
        "333166",
        "194572",
        "174831",
        "569244",
        "303221",
        "180738",
        "211191",
        "196318",
        "188192",
        "308507",
        "297057",
        "216010",
        "309030",
        "197249",
        "365118",
        "205241",
        "527208",
        "561294",
        "440904",
        "669356",
        "192111",
        "791348",
        "152004",
        "163716",
        "92123",
        "851782",
        "4400869",
        "4327323",
        "722854",
        "4428811",
        "654307",
        "528753",
        "303963",
        "1636835",
        "355533",
        "4461906",
        "276834",
        "1066814",
        "92043",
        "99309",
        "4375268",
        "225259",
        "4312559",
        "4334770",
        "4365567",
        "248395",
        "548468",
        "4456104",
        "281047",
        "4330856",
        "438487",
        "722895",
        "312081",
        "3926677",
        "681246",
        "548683",
        "818605",
        "224099",
        "555283",
        "533882",
        "105409",
        "329688",
        "4305923",
        "1135084",
        "325850",
        "345944",
        "183798",
        "269386",
        "528628",
        "264123",
        "338381",
        "331248",
        "197539",
        "143362",
        "302312",
        "613414",
        "310018",
        "2326547",
        "441155",
        "187841",
        "607045",
        "1090059",
        "799211",
        "1106060",
        "93000",
        "644946",
        "1025861",
        "225846",
        "4335450",
        "4093791",
        "148003",
        "1625449",
        "298776",
        "2096960",
        "363383",
        "4465803",
        "177695",
        "132873",
        "347367",
        "858026",
        "249740",
        "3860",
        "300357",
        "342724",
        "4335447",
        "253550",
        "790466",
        "4313471",
        "4316932",
        "4440672",
        "3757252",
        "252843",
        "627481",
        "4332636",
        "4332000",
        "2836861",
        "2901960",
        "4394095",
        "4373301",
        "1124080",
        "43339",
        "192749",
        "471180",
        "198118",
        "30062",
        "197587",
        "325599",
        "345095",
        "324015",
        "352747",
        "195270",
        "208539",
        "227000",
        "4301298",
        "4454385",
        "515747",
        "4469722",
        "3888577",
        "565413",
        "199061",
        "200536",
        "555495",
        "136015",
        "525199",
        "110404",
        "288283",
        "697578",
        "711803",
        "560886",
        "503174",
        "829733",
        "287646",
        "197427",
        "791973",
        "827612",
        "1107335",
        "851733",
        "963606",
        "171772",
        "287032",
        "1106617",
        "4317238",
        "2217384",
        "4321285",
        "537279",
        "158034",
        "1111847",
        "139530",
        "558152",
        "403822",
        "657390",
        "176060",
        "213813",
        "196381",
        "190639",
        "4336943",
        "806751",
        "335418",
        "428116",
        "569456",
        "219826",
        "4429559",
        "686900",
        "182764",
        "338845",
        "214450",
        "96451",
        "576400",
        "620319",
        "364341",
        "547730",
        "523483",
        "360636",
        "593376",
        "302597",
        "362308",
        "332557",
        "4477971",
        "1131091",
        "725198",
        "324244",
        "186851",
        "4349261",
        "343811",
        "290379",
        "4323490",
        "526690",
        "271035",
        "73538",
        "535196",
        "1787644",
        "342876",
        "98258",
        "102142",
        "219549",
        "561885",
        "529501",
        "512154",
        "903184",
        "753636",
        "386313",
        "584571",
        "350105",
        "330353",
        "395008",
        "304975",
        "187233",
        "266210",
        "3355047",
        "631768",
        "14277",
        "315189",
        "1101177",
        "567669",
        "827497",
        "396697",
        "241368",
        "283765",
        "305330",
        "343503",
        "4423026",
        "347575",
        "503389",
        "329512",
        "694975",
        "307057",
        "27227",
        "321584",
        "537290",
        "241441",
        "241449",
        "720489",
        "530416",
        "198380",
        "4320423",
        "1038074",
        "4354103",
        "551749",
        "332293",
        "2170756",
        "656774",
        "343431",
        "255367",
        "331738",
        "157448",
        "4333705",
        "280968"
      ],
      "rows": 517,
      "table": true,
      "tojson": true
    },
    {
      "name": "throat.otu.tab",
      "title": "throat microbiome dataset",
      "object": "throat.otu.tab",
      "class": [
        "data.frame"
      ],
      "fields": [
        "4695",
        "2983",
        "2554",
        "3315",
        "879",
        "1313",
        "5661",
        "4125",
        "2115",
        "3309",
        "3225",
        "514",
        "3427",
        "484",
        "4194",
        "2894",
        "5523",
        "652",
        "5160",
        "3349",
        "2705",
        "4526",
        "4925",
        "3202",
        "4716",
        "3015",
        "1453",
        "5046",
        "1477",
        "1873",
        "1583",
        "1203",
        "3227",
        "5047",
        "3428",
        "4399",
        "642",
        "4499",
        "2740",
        "5334",
        "3067",
        "4883",
        "5162",
        "1655",
        "58",
        "4220",
        "3276",
        "39",
        "2371",
        "3878",
        "3600",
        "378",
        "4864",
        "5291",
        "3105",
        "1651",
        "3574",
        "1635",
        "4472",
        "3988",
        "5456",
        "3026",
        "189",
        "548",
        "784",
        "1091",
        "742",
        "4871",
        "368",
        "4564",
        "420",
        "501",
        "5522",
        "4306",
        "1026",
        "2981",
        "5414",
        "232",
        "1995",
        "3231",
        "2860",
        "1044",
        "1639",
        "3945",
        "5280",
        "1037",
        "5483",
        "4966",
        "3546",
        "1623",
        "3352",
        "4969",
        "5217",
        "5468",
        "3992",
        "3097",
        "2556",
        "2239",
        "263",
        "2430",
        "1592",
        "5054",
        "4497",
        "723",
        "1867",
        "1511",
        "1219",
        "1986",
        "4733",
        "4666",
        "4847",
        "5201",
        "2906",
        "1903",
        "571",
        "3246",
        "2660",
        "4697",
        "3302",
        "4831",
        "5045",
        "1981",
        "3505",
        "1796",
        "765",
        "2313",
        "1371",
        "2098",
        "2002",
        "4440",
        "5547",
        "5655",
        "5675",
        "911",
        "991",
        "3699",
        "3353",
        "2743",
        "978",
        "285",
        "4771",
        "1596",
        "4494",
        "2198",
        "4022",
        "2425",
        "1755",
        "2982",
        "323",
        "4608",
        "1278",
        "4877",
        "667",
        "2761",
        "1160",
        "3758",
        "483",
        "153",
        "2286",
        "2757",
        "3075",
        "5443",
        "2122",
        "3715",
        "4708",
        "502",
        "777",
        "1890",
        "2839",
        "3344",
        "906",
        "3020",
        "3492",
        "2077",
        "1419",
        "351",
        "3418",
        "2729",
        "440",
        "4967",
        "2836",
        "607",
        "3703",
        "4840",
        "1283",
        "2570",
        "5581",
        "4417",
        "65",
        "231",
        "5308",
        "2718",
        "5227",
        "5286",
        "3039",
        "5679",
        "2046",
        "1421",
        "3390",
        "679",
        "2582",
        "4589",
        "5119",
        "2398",
        "955",
        "2263",
        "4354",
        "5328",
        "1448",
        "308",
        "4424",
        "4979",
        "4298",
        "2334",
        "2153",
        "4721",
        "2301",
        "2595",
        "3938",
        "1795",
        "40",
        "4702",
        "464",
        "4775",
        "2025",
        "4478",
        "1476",
        "3969",
        "4693",
        "943",
        "4131",
        "4248",
        "1561",
        "5269",
        "467",
        "1718",
        "2481",
        "933",
        "5167",
        "4013",
        "2980",
        "5313",
        "3865",
        "4448",
        "2245",
        "4387",
        "797",
        "1452",
        "2521",
        "1988",
        "3534",
        "1565",
        "1432",
        "1274",
        "4222",
        "1004",
        "154",
        "3527",
        "1549",
        "3840",
        "976",
        "2419",
        "2282",
        "1039",
        "289",
        "940",
        "3506",
        "985",
        "1042",
        "141",
        "3967",
        "3374",
        "2928",
        "2014",
        "3395",
        "4525",
        "2824",
        "1007",
        "4585",
        "2794",
        "5496",
        "3839",
        "3896",
        "4780",
        "1114",
        "4065",
        "2402",
        "1540",
        "2210",
        "444",
        "4080",
        "661",
        "3633",
        "1036",
        "4942",
        "124",
        "591",
        "3776",
        "647",
        "2213",
        "2742",
        "5394",
        "2775",
        "4158",
        "1311",
        "1122",
        "332",
        "330",
        "546",
        "2572",
        "2325",
        "1544",
        "513",
        "414",
        "2140",
        "1840",
        "24",
        "2799",
        "5678",
        "2110",
        "1668",
        "5028",
        "4269",
        "5682",
        "2161",
        "1064",
        "5179",
        "4699",
        "576",
        "1919",
        "2487",
        "5082",
        "823",
        "2646",
        "4278",
        "3216",
        "392",
        "4212",
        "5058",
        "5059",
        "2234",
        "594",
        "3622",
        "877",
        "1730",
        "4256",
        "1437",
        "3220",
        "1239",
        "1374",
        "697",
        "750",
        "5491",
        "3293",
        "2996",
        "2244",
        "3886",
        "2633",
        "3273",
        "2047",
        "44",
        "5563",
        "4813",
        "1246",
        "4688",
        "5471",
        "1405",
        "2382",
        "5202",
        "5117",
        "1935",
        "3978",
        "5634",
        "2467",
        "3541",
        "2335",
        "990",
        "5096",
        "5484",
        "4707",
        "4628",
        "373",
        "688",
        "4586",
        "1658",
        "2645",
        "2655",
        "3636",
        "3943",
        "3977",
        "2780",
        "2496",
        "2829",
        "4776",
        "5385",
        "3006",
        "215",
        "5235",
        "5583",
        "181",
        "2393",
        "625",
        "4481",
        "1365",
        "1391",
        "5226",
        "4740",
        "372",
        "2300",
        "4450",
        "381",
        "4359",
        "5036",
        "2132",
        "2831",
        "1216",
        "5126",
        "318",
        "1340",
        "4146",
        "772",
        "1759",
        "375",
        "5133",
        "4725",
        "4778",
        "4670",
        "4032",
        "5262",
        "4001",
        "2575",
        "3689",
        "2972",
        "2434",
        "4255",
        "3308",
        "4164",
        "3825",
        "3677",
        "898",
        "760",
        "5111",
        "5663",
        "3949",
        "5624",
        "1922",
        "149",
        "4479",
        "2053",
        "2358",
        "2464",
        "2795",
        "452",
        "1492",
        "3162",
        "2893",
        "1590",
        "2879",
        "2940",
        "90",
        "993",
        "171",
        "4560",
        "5402",
        "5446",
        "2291",
        "2135",
        "4414",
        "3942",
        "4015",
        "5559",
        "1704",
        "3300",
        "638",
        "2563",
        "2707",
        "184",
        "3269",
        "4624",
        "1280",
        "4767",
        "3109",
        "3529",
        "217",
        "3533",
        "2456",
        "5273",
        "671",
        "1618",
        "560",
        "2592",
        "4350",
        "2663",
        "4965",
        "3380",
        "1408",
        "3032",
        "4793",
        "4828",
        "5277",
        "5042",
        "1058",
        "2896",
        "3128",
        "774",
        "956",
        "336",
        "1832",
        "4090",
        "3619",
        "4036",
        "2219",
        "4116",
        "817",
        "2119",
        "1488",
        "4939",
        "3324",
        "2206",
        "1614",
        "4068",
        "131",
        "2228",
        "5004",
        "3777",
        "4363",
        "2423",
        "1766",
        "2875",
        "201",
        "1478",
        "1571",
        "2495",
        "730",
        "1839",
        "929",
        "3158",
        "5238",
        "1649",
        "5129",
        "1936",
        "2048",
        "4060",
        "3071",
        "4430",
        "2329",
        "1016",
        "720",
        "5122",
        "621",
        "3549",
        "5252",
        "2383",
        "2433",
        "2683",
        "1807",
        "3739",
        "5493",
        "278",
        "1074",
        "1490",
        "411",
        "1006",
        "1991",
        "643",
        "2913",
        "807",
        "3177",
        "2756",
        "922",
        "2961",
        "1429",
        "1947",
        "328",
        "1135",
        "2060",
        "5120",
        "1740",
        "3923",
        "4033",
        "5022",
        "1543",
        "4703",
        "4912",
        "4835",
        "358",
        "4233",
        "5627",
        "402",
        "2712",
        "4267",
        "919",
        "4335",
        "3474",
        "4753",
        "130",
        "2814",
        "4457",
        "3381",
        "4964",
        "4223",
        "2107",
        "1535",
        "1367",
        "2045",
        "4875",
        "984",
        "1467",
        "4736",
        "5304",
        "4",
        "2524",
        "599",
        "2449",
        "1328",
        "4816",
        "3690",
        "5460",
        "1464",
        "5673",
        "316",
        "5677",
        "4940",
        "4027",
        "2026",
        "3484",
        "888",
        "3821",
        "2328",
        "219",
        "1152",
        "3623",
        "3640",
        "2642",
        "3469",
        "5374",
        "1833",
        "689",
        "156",
        "2706",
        "3345",
        "1585",
        "4304",
        "5282",
        "5395",
        "2290",
        "178",
        "3769",
        "1753",
        "3805",
        "1527",
        "4760",
        "3662",
        "618",
        "1530",
        "5268",
        "4444",
        "5528",
        "2797",
        "2361",
        "2662",
        "4882",
        "1049",
        "3239",
        "691",
        "81",
        "2494",
        "3873",
        "4148",
        "3477",
        "3391",
        "2939",
        "3954",
        "589",
        "3108",
        "4561",
        "2022",
        "296",
        "4859",
        "2320",
        "2644",
        "3438",
        "3147",
        "5525",
        "1250",
        "1491",
        "1204",
        "292",
        "4286",
        "1308",
        "1893",
        "2959",
        "1517",
        "1259",
        "5138",
        "2082",
        "3659",
        "1336",
        "1376",
        "2849",
        "913",
        "1054",
        "459",
        "5006",
        "3456",
        "1724",
        "4243",
        "1350",
        "4357",
        "1417",
        "1987",
        "2015",
        "2399",
        "2155",
        "4551",
        "3895",
        "2700",
        "257",
        "4408",
        "2576",
        "1483",
        "3832",
        "4377",
        "2653",
        "5587",
        "3058",
        "624",
        "4731",
        "3190",
        "1605",
        "2477",
        "4364",
        "1388",
        "3210",
        "1024",
        "1692",
        "4520",
        "4837",
        "4139",
        "1110",
        "4395",
        "4352",
        "884",
        "2535",
        "5124",
        "1921",
        "3789",
        "475",
        "2195",
        "3252",
        "5100",
        "3143",
        "5535",
        "102",
        "2",
        "5401",
        "2564",
        "2861",
        "7",
        "5052",
        "4817",
        "3393",
        "5617",
        "3551",
        "5376",
        "3936",
        "4025",
        "1343",
        "4648",
        "1722",
        "3294",
        "3183",
        "3114",
        "1671",
        "73",
        "2013",
        "2859",
        "3744",
        "2527",
        "4280",
        "4422",
        "2510",
        "93",
        "595",
        "3357",
        "5065",
        "1883",
        "382",
        "4229",
        "3802",
        "5287",
        "1705",
        "4764",
        "3336",
        "4891",
        "3005",
        "1931",
        "2127",
        "4321",
        "1076",
        "1319",
        "799",
        "3069",
        "1633",
        "507",
        "4002",
        "1010",
        "3057",
        "5575",
        "3957",
        "447",
        "3753",
        "569",
        "5513",
        "4008",
        "4931",
        "2183",
        "4914",
        "121",
        "1497",
        "1005",
        "5603",
        "3651",
        "5283",
        "3248",
        "3589",
        "969",
        "4701",
        "4362",
        "228",
        "3538",
        "2621",
        "4855",
        "4365",
        "3198",
        "1406",
        "3512",
        "4373",
        "1502",
        "3702",
        "947",
        "1115",
        "3330",
        "499",
        "4477",
        "4599",
        "3008",
        "4086",
        "4573",
        "2900",
        "3322",
        "596",
        "4225",
        "3675",
        "434",
        "3447"
      ],
      "rows": 60,
      "table": true,
      "tojson": true
    }
  ],
  "_help": [
    {
      "page": "count.ibd",
      "title": "IBD microbiome dataset",
      "topics": [
        "count.ibd"
      ]
    },
    {
      "page": "count.vaginal",
      "title": "MOMS-PI microbiome dataset",
      "topics": [
        "count.vaginal"
      ]
    },
    {
      "page": "MIDASim",
      "title": "Simulating Realistic Microbiome Data using MIDASim",
      "topics": [
        "MIDASim"
      ]
    },
    {
      "page": "MIDASim.modify",
      "title": "Modifying MIDASim model",
      "topics": [
        "MIDASim.modify"
      ]
    },
    {
      "page": "MIDASim.setup",
      "title": "Fitting MIDAS model to microbiome data",
      "topics": [
        "MIDASim.setup"
      ]
    },
    {
      "page": "throat.otu.tab",
      "title": "throat microbiome dataset",
      "topics": [
        "throat.otu.tab"
      ]
    }
  ],
  "_readme": "https://github.com/mengyu-he/midasim/raw/HEAD/README.md",
  "_rundeps": [
    "GPArotation",
    "lattice",
    "MASS",
    "Matrix",
    "mgcv",
    "mnormt",
    "nlme",
    "pracma",
    "psych",
    "scam"
  ],
  "_vignettes": [
    {
      "source": "MIDASim_vignette.Rmd",
      "filename": "MIDASim_vignette.html",
      "title": "MIDASim package vignette",
      "engine": "knitr::rmarkdown",
      "headings": [
        "Overview",
        "Required packages",
        "Installation",
        "Open the Vignette in R",
        "MIDASim: Microbiome Data Simulator",
        "Template data description",
        "Setup the MIDASim model",
        "Non-parametric mode",
        "Parametric mode",
        "Modify the fitted MIDASim model",
        "No modification at all",
        "Model modification in parametric mode",
        "Modify the number of samples and their library sizes",
        "Modify taxa features by mean relative abundances or location parameters",
        "Modify taxa features by individual‑specific relative abundances",
        "Model modification in nonparametric mode (Not recommended)",
        "Modify features of taxa by mean relative abundances or proportion of non-zero cells",
        "Simulate microbiome data with the fitted MIDASim model",
        "References"
      ],
      "created": "2023-12-02 06:12:50",
      "modified": "2025-07-01 19:06:49",
      "commits": 4
    }
  ],
  "_score": 5.146128035678238,
  "_indexed": true,
  "_nocasepkg": "midasim",
  "_universes": [
    "mengyu-he"
  ],
  "_binaries": [
    {
      "r": "4.7.0",
      "os": "linux",
      "version": "2.0",
      "date": "2026-06-07T06:09:53.000Z",
      "distro": "noble",
      "commit": "098a20933a95b7d18cb5667b1da225ac1ce80e74",
      "fileid": "5a7435ceba2f0b84cea0d739673af1730774c24ae8ca42fd43503f636efd7249",
      "status": "success",
      "check": "OK",
      "buildurl": "https://github.com/r-universe/mengyu-he/actions/runs/27056372408"
    },
    {
      "r": "4.6.0",
      "os": "linux",
      "version": "2.0",
      "date": "2026-06-07T06:09:48.000Z",
      "distro": "noble",
      "commit": "098a20933a95b7d18cb5667b1da225ac1ce80e74",
      "fileid": "eb54f73a3d0b22b5cacbd6159237f77834871bef14e16317f9da38abdd9c5f82",
      "status": "success",
      "check": "OK",
      "buildurl": "https://github.com/r-universe/mengyu-he/actions/runs/27056372408"
    },
    {
      "r": "4.5.3",
      "os": "mac",
      "version": "2.0",
      "date": "2026-06-07T06:10:05.000Z",
      "commit": "098a20933a95b7d18cb5667b1da225ac1ce80e74",
      "fileid": "2bc11fd37e98f98a40dc20a1fe6474de33f4be815e4bbd5050ac7ad44cfab8f8",
      "status": "success",
      "check": "OK",
      "buildurl": "https://github.com/r-universe/mengyu-he/actions/runs/27056372408"
    },
    {
      "r": "4.6.0",
      "os": "mac",
      "version": "2.0",
      "date": "2026-06-07T06:09:23.000Z",
      "commit": "098a20933a95b7d18cb5667b1da225ac1ce80e74",
      "fileid": "494b5d209262f1c2330f3f96876b9e1cd81e31b11f0223c22288568be07e22f3",
      "status": "success",
      "check": "OK",
      "buildurl": "https://github.com/r-universe/mengyu-he/actions/runs/27056372408"
    },
    {
      "r": "4.6.0",
      "os": "wasm",
      "version": "2.0",
      "date": "2026-06-07T06:09:50.000Z",
      "commit": "098a20933a95b7d18cb5667b1da225ac1ce80e74",
      "fileid": "a0b01bfe1f0ef89ed07d6f5dbea53eee4c3077094dfff49041b2b5e081b9a9f8",
      "status": "success",
      "buildurl": "https://github.com/r-universe/mengyu-he/actions/runs/27056372408"
    },
    {
      "r": "4.7.0",
      "os": "win",
      "version": "2.0",
      "date": "2026-06-07T06:08:47.000Z",
      "commit": "098a20933a95b7d18cb5667b1da225ac1ce80e74",
      "fileid": "a8665b8b8e722c81ace32eb31e98d534e37f9bfd6c29c1195102c8fc02e31824",
      "status": "success",
      "check": "OK",
      "buildurl": "https://github.com/r-universe/mengyu-he/actions/runs/27056372408"
    },
    {
      "r": "4.5.3",
      "os": "win",
      "version": "2.0",
      "date": "2026-06-07T06:09:12.000Z",
      "commit": "098a20933a95b7d18cb5667b1da225ac1ce80e74",
      "fileid": "9fd8442b3d31da6998a28a48da3052939cbe659afc679d79d770a4ae1e6d10b5",
      "status": "success",
      "check": "OK",
      "buildurl": "https://github.com/r-universe/mengyu-he/actions/runs/27056372408"
    },
    {
      "r": "4.6.0",
      "os": "win",
      "version": "2.0",
      "date": "2026-06-07T06:09:10.000Z",
      "commit": "098a20933a95b7d18cb5667b1da225ac1ce80e74",
      "fileid": "5e8362bdc4ea700c6fb64ad2c9ff65cecd1bc5397dc961b1b7f995b10c0c286f",
      "status": "success",
      "check": "OK",
      "buildurl": "https://github.com/r-universe/mengyu-he/actions/runs/27056372408"
    }
  ]
}